类 | 说明 |
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BEDExporter |
TODO: 导出为 BED 格式
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GTBAppender |
GTB 列字段追加器, 该方法用于避免重写前面的信息
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GTBConcat |
GTB 文件连接器, 它是对应于 GTBSplitter 的方法
也可以用于连接样本序列无法对齐的多个 GTB 文件 (例如常染色体与 Y 染色体)
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GTBEditor |
GTB 文件编辑器模版类
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GTBExporter |
GTB 文件导出器, 支持添加新信息
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GTBMerger |
GTB 基因型文件合并器, 第一个文件作为主文件 (major or left), 第二个文件作为次文件 (minor or right)
由于多文件合并涉及到复杂的等位基因类型判断及内存控制, 此处仅用于合并两个 GTB 文件.
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GTBSorter |
GTB 文件按照坐标排序
FIXME: 优化分配到每个染色体的工作量, 提高速度
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GTBSplitter |
GTB 文件切割器
将文件按照一定的规则切割为几个小部份
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TSVExporter |
TSV 文件导出器
在 TSV 导出器中, 将不包含基因型信息, 但可以导出其他字段
通过 addFieldFormatter, 可以实现自定义新字段
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VCFExporter |
VCF 文件导出器
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枚举 | 说明 |
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GTBMerger.MergeOperator |
处理不同文件位点的方式
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