edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit

类 GTBConcat

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat

public class GTBConcat
extends edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

GTB 文件连接器, 它是对应于 GTBSplitter 的方法 也可以用于连接样本序列无法对齐的多个 GTB 文件 (例如常染色体与 Y 染色体)

字段概要

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

AVAILABLE_PROCESSORS, INIT_THREADS

方法概要

限定符和类型	方法和说明
GTBConcat	addField(java.lang.String fieldName) 添加筛选字段
GTBConcat	addFields(java.lang.Iterable<java.lang.String> fieldNames) 添加筛选字段
GTBConcat	addFields(java.lang.String[] fieldNames) 添加筛选字段
GTBConcat	addManager(java.lang.Object manager) 添加待合并的管理器对象
GTBConcat	addManager(java.lang.Object managerObject, boolean addSubjects, boolean addFields, boolean addMetas) 添加待合并的管理器对象
GTBConcat	addManagers(java.lang.Iterable<?> managers) 添加多个待合并的管理器对象
GTBConcat	addManagers(java.lang.Iterable<?> managers, boolean addSubjects, boolean addFields, boolean addMetas) 添加待合并的管理器对象
GTBConcat	addMeta(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode key, edu.sysu.pmglab.container.ByteCode value) 写入元信息
GTBConcat	addMeta(edu.sysu.pmglab.ccf.CCFMeta meta) 写入元信息
GTBConcat	addMeta(java.lang.String key, java.lang.String value) 写入元信息
GTBConcat	addSubject(java.lang.String subject) 添加样本
GTBConcat	addSubjects(java.lang.Iterable<java.lang.String> subjects) 添加样本序列
GTBConcat	addSubjects(java.lang.String[] subjects) 设置样本序列
GTBConcat	addVariantFilter(GTBFilter filter) 设置位点过滤器
GTBConcat	clearFields() 清除选定的字段
GTBConcat	clearMeta() 清除所有的元信息
GTBConcat	clearSubjects() 清除选定的样本
GTBConcat	dropDuplicationMeta() 去除重复的元信息
static GTBConcat	of(java.io.File outputFile) 构造器方法
GTBConcat	setFormat(GTBFormat format) 设置 GTB 文件格式
GTBConcat	setThreads(int threads)
GTBConcat	sort(boolean sortVariants) 排序输出的文件
GTBManager	submit() 对管理器进行拼接
java.lang.String	toString()

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

addThreads, getThreads, reduceThreads, verify

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

方法详细资料

of

public static GTBConcat of(java.io.File outputFile)

构造器方法

参数:

outputFile - 输出文件对象

返回:

本类

sort

public GTBConcat sort(boolean sortVariants)

排序输出的文件

参数:

sortVariants - 排序位点

返回:

本类

setThreads

public GTBConcat setThreads(int threads)

覆盖:

setThreads 在类中 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

addManager

public GTBConcat addManager(java.lang.Object manager)

添加待合并的管理器对象

参数:

manager - 管理器对象

返回:

本类

addManager

public GTBConcat addManager(java.lang.Object managerObject,
                            boolean addSubjects,
                            boolean addFields,
                            boolean addMetas)

添加待合并的管理器对象

参数:

managerObject - 管理器对象

addSubjects - 是否添加该管理器的样本

addFields - 是否添加该管理器的字段

addMetas - 是否添加该管理器的元信息

返回:

本类

addManagers

public GTBConcat addManagers(java.lang.Iterable<?> managers)

添加多个待合并的管理器对象

参数:

managers - 管理器对象

返回:

本类

addManagers

public GTBConcat addManagers(java.lang.Iterable<?> managers,
                             boolean addSubjects,
                             boolean addFields,
                             boolean addMetas)

添加待合并的管理器对象

参数:

managers - 管理器对象

addSubjects - 是否添加该管理器的样本

addFields - 是否添加该管理器的字段

addMetas - 是否添加该管理器的元信息

返回:

本类

clearSubjects

public GTBConcat clearSubjects()

清除选定的样本

返回:

本类

addSubject

public GTBConcat addSubject(java.lang.String subject)

添加样本

参数:

subject - 样本名

返回:

本类

addSubjects

public GTBConcat addSubjects(java.lang.String[] subjects)

设置样本序列

参数:

subjects - 样本序列

返回:

本类

addSubjects

public GTBConcat addSubjects(java.lang.Iterable<java.lang.String> subjects)

添加样本序列

参数:

subjects - 样本序列

返回:

本类

addField

public GTBConcat addField(java.lang.String fieldName)

添加筛选字段

参数:

fieldName - 字段名

返回:

本类

addFields

public GTBConcat addFields(java.lang.String[] fieldNames)

添加筛选字段

参数:

fieldNames - 字段名

返回:

本类

addFields

public GTBConcat addFields(java.lang.Iterable<java.lang.String> fieldNames)

添加筛选字段

参数:

fieldNames - 字段名

返回:

本类

clearFields

public GTBConcat clearFields()

清除选定的字段

返回:

本类

addMeta

public GTBConcat addMeta(java.lang.String key,
                         java.lang.String value)

写入元信息

参数:

key - 元信息键

value - 元信息值

返回:

本类

addMeta

public GTBConcat addMeta(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode key,
                         edu.sysu.pmglab.container.ByteCode value)

写入元信息

参数:

key - 元信息键

value - 元信息值

返回:

本类

addMeta

public GTBConcat addMeta(edu.sysu.pmglab.ccf.CCFMeta meta)

写入元信息

参数:

meta - 元信息对象

返回:

本类

clearMeta

public GTBConcat clearMeta()

清除所有的元信息

返回:

本类

dropDuplicationMeta

public GTBConcat dropDuplicationMeta()

去除重复的元信息

返回:

本类

setFormat

public GTBConcat setFormat(GTBFormat format)

设置 GTB 文件格式

参数:

format - GTB 文件格式

返回:

本类

addVariantFilter

public GTBConcat addVariantFilter(GTBFilter filter)

设置位点过滤器

参数:

filter - 位点过滤器

返回:

本类

submit

public GTBManager submit()
                  throws java.io.IOException

对管理器进行拼接

返回:

排序后的文件对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

toString

public java.lang.String toString()

覆盖:

toString 在类中 java.lang.Object