使用图形界面查看 GTB 文件

GTB 是二进制编码的文件格式,无法使用常规的文本阅读器访问。GBC 工具包基于命令行和 API 提供了多种 GTB 文件的访问方式,包括导出为文本格式(如 VCF、TSV 格式)、压缩的文本格式。此外,GBC 还提供了基于 Swing 的轻量级可视化窗口。使用如下指令打开图形界面窗口查看 GTB 文件:

java -jar gbc.jar gui <input>

在图形界面中(CCFViewerFrame)不显示基因型的详细信息,而是提供基因型在等位基因频率、等位基因频数上的信息作为替代,以提高它的可阅读性。

例如,使用 GBC 查看远程示例文件 https://pmglab.top/gbc/download/assoc.hg19.gtb

java -jar gbc.jar gui https://pmglab.top/gbc/download/assoc.hg19.gtb

随后,带有图形界面的操作系统会显示如下的窗口:

gbc-gui

[!DANGER|label:非图形界面的操作系统无法使用此功能|style:callout]

No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operation which requires it.

Copyright ©张柳彬 all right reserved文档修订时间: 2023-04-10 07:08:05

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