LD 计算

GBC 集成了基于 GTB 的快速 LD 计算方法。使用如下指令计算位点间的 LD 系数：

java -jar gbc.jar ld <input> [output] [options]

未设置输出文件时，GBC 将默认使用 bgzip 压缩输出的文件，以尽可能减小输出文件的大小。当输入文件包含多个染色体时（例如输入的单个文件中包含整个基因组的基因型），GBC 可以使用并行化提升速度，否则并行化仅在最后导出为 GZIP 格式时适用。

请注意，LD 计算仅适用于坐标有序的 GTB 文件，对于坐标无序的 GTB 文件，请先使用 GTBSorter 进行排序。

[!NOTE|label:示例程序|style:callout]

使用 GBC-LDCalculator 计算 1000GP3-EAS-chr4 的 LD 系数：

# 下载文件
wget https://pmglab.top/gbc/download/1kg.phase3.v5.shapeit2.eas.hg19.chr4.gtb

# 在终端直接运行
java -jar gbc.jar ld 1kg.phase3.v5.shapeit2.eas.hg19.chr4.gtb 

# 使用 docker 运行
docker run -v `pwd`:`pwd` -w `pwd` --rm -it -m 4g gbc \
ld 1kg.phase3.v5.shapeit2.eas.hg19.chr4.gtb

程序参数

语法: ld <input> [output] [options]
Java-API: edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.LDCalculator
关于: 计算成对位点的 LD 系数. 提供 D' 法和 Pearson 相关系数法.
参数:
  --chromosome  指定染色体标签文件.
                格式: --chromosome <file>
  --threads,-t  设置并行线程数.
                默认值: 4
                格式: --threads <int>
LD 计算参数 Options:
  --hap-ld         计算成对位点的连锁不平衡系数 (D' 法).
  --geno-ld        计算成对位点的基因型相关性 (Pearson 法).
  --window-bp,-bp  LD 计算的变异位点对之间的最大物理碱基距离.
                   默认值: 10000
                   format: --window-bp <int> (>= 10)
  --min-r2         排除 R^2 值小于 --min-r2 的记录.
                   默认值: 0.2
                   格式: --min-r2 <float> (0.0 ~ 1.0)
  --maf            排除次级等位基因频率小于 --maf 的变异位点.
                   默认值: 0.05
                   格式: --maf <float> (1.0E-6 ~ 0.5)
  --range,-r       计算指定区间内变异位点之间的 LD 系数.
                   格式: --range <chromosome>:<minPos>-<maxPos> (>= 1)

API 工具

对 GTB 文件进行 LD 计算的 API 工具是 edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.LDCalculator，两种 LD 计算方法实现在 edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.HaplotypeLD 和 edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.GenotypeLD 和 ，使用示例如下：

GTBReader reader = new GTBReader("https://pmglab.top/gbc/download/assoc.hg19.gtb");
Variant variant1 = reader.read();
Variant variant2 = reader.read();
IRecord record = variant1.calculateLD(variant2, GenotypeLD.INSTANCE);
reader.close();