edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit

类 GTBExporter

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor

edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter

public class GTBExporter
extends GTBEditor

GTB 文件导出器, 支持添加新信息

字段概要

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

AVAILABLE_PROCESSORS, INIT_THREADS

方法概要

限定符和类型	方法和说明
GTBExporter	addField(java.util.Map<java.lang.String,edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType> fields) 添加字段或更改字段值类型
GTBExporter	addField(java.lang.String fieldName) 添加筛选字段
GTBExporter	addField(java.lang.String fieldName, edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType fieldType) 添加字段或更改字段值类型
GTBExporter	addFields(java.lang.Iterable<java.lang.String> fieldNames) 添加筛选字段
GTBExporter	addFields(java.lang.String... fieldNames) 添加筛选字段
GTBExporter	addValueConverter(java.util.function.Consumer<Variant> valueConverter) 添加值转换器
GTBIndexer	getIndexer() 获取索引器
GTBExporter	liftOver(LiftOver liftOver) 位点版本转换
GTBExporter	liftOver(RefGenomeVersion fromGenomeVersion, RefGenomeVersion toGenomeVersion) 位点版本转换
GTBExporter	normalize(boolean normalize) 将位点转为二等位基因位点
static GTBExporter	of(java.lang.Object managerObject) 构造器方法
static GTBExporter	of(java.lang.Object managerObject, java.io.File outputFile) 构造器方法
GTBExporter	selectSubjects(int[] subjectIndexes) 筛选储存的子样本
GTBExporter	selectSubjects(java.lang.Iterable<?> subjectIndexes) 筛选储存的子样本
GTBExporter	selectSubjects(java.lang.String[] subjects) 筛选储存的子样本
GTBExporter	sort(boolean sortVariants) 排序输出的文件
GTBExporter	storeOriginCoordinate(java.lang.String prefix) 储存原始坐标
GTBExporter	storeOriginCoordinate(java.lang.String chromosomeField, java.lang.String positionField) 储存原始坐标
GTBExporter	storeOriginPointer(java.lang.String fieldName) 储存原始指针字段
GTBManager	submit() 提交计算任务, 需要子类进行实现
java.lang.String	toString()

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor

addMeta, addMeta, addMeta, addVariantFilter, clearFields, clearMeta, dropDuplicationMeta, getManager, getOutputFile, loadGenotype, renameField, renameFields, renameSubject, renameSubjects, renameSubjects, setFormat, setOutputFile, setThreads

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

addThreads, getThreads, reduceThreads, verify

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

方法详细资料

of

public static GTBExporter of(java.lang.Object managerObject)
                      throws java.io.IOException

构造器方法

参数:

managerObject - 管理器对象

返回:

GTB 文件导出器

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

of

public static GTBExporter of(java.lang.Object managerObject,
                             java.io.File outputFile)
                      throws java.io.IOException

构造器方法

参数:

managerObject - 管理器对象

outputFile - 输出文件对象

返回:

GTB 文件导出器

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

getIndexer

public GTBIndexer getIndexer()

获取索引器

返回:

GTB 文件索引器

selectSubjects

public GTBExporter selectSubjects(java.lang.String[] subjects)

筛选储存的子样本

参数:

subjects - 子样本序列

返回:

本类

selectSubjects

public GTBExporter selectSubjects(int[] subjectIndexes)

筛选储存的子样本

参数:

subjectIndexes - 子样本序列

返回:

本类

selectSubjects

public GTBExporter selectSubjects(java.lang.Iterable<?> subjectIndexes)

筛选储存的子样本

参数:

subjectIndexes - 子样本序列

返回:

本类

addField

public GTBExporter addField(java.lang.String fieldName,
                            edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType fieldType)

添加字段或更改字段值类型

参数:

fieldName - 字段名

fieldType - 字段类型

返回:

本类

addField

public GTBExporter addField(java.util.Map<java.lang.String,edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType> fields)

添加字段或更改字段值类型

参数:

fields - 字段名及其类型

返回:

本类

addField

public GTBExporter addField(java.lang.String fieldName)

添加筛选字段

覆盖:

addField 在类中 GTBEditor

参数:

fieldName - 字段名

返回:

本类

addFields

public GTBExporter addFields(java.lang.String... fieldNames)

添加筛选字段

覆盖:

addFields 在类中 GTBEditor

参数:

fieldNames - 字段名

返回:

本类

addFields

public GTBExporter addFields(java.lang.Iterable<java.lang.String> fieldNames)

添加筛选字段

覆盖:

addFields 在类中 GTBEditor

参数:

fieldNames - 字段名

返回:

本类

addValueConverter

public GTBExporter addValueConverter(java.util.function.Consumer<Variant> valueConverter)

添加值转换器

参数:

valueConverter - 值转换器

返回:

本类

liftOver

public GTBExporter liftOver(LiftOver liftOver)

位点版本转换

参数:

liftOver - 版本转换工具

返回:

本类

另请参阅:

链信息区间树

liftOver

public GTBExporter liftOver(RefGenomeVersion fromGenomeVersion,
                            RefGenomeVersion toGenomeVersion)
                     throws java.io.IOException

位点版本转换

参数:

fromGenomeVersion - 输入文件参考基因组版本

toGenomeVersion - 输出文件参考基因组版本

返回:

本类

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

另请参阅:

链信息区间树

normalize

public GTBExporter normalize(boolean normalize)

将位点转为二等位基因位点

参数:

normalize - 位点转为二等位基因位点

返回:

本类

sort

public GTBExporter sort(boolean sortVariants)

排序输出的文件

参数:

sortVariants - 排序位点

返回:

本类

storeOriginCoordinate

public GTBExporter storeOriginCoordinate(java.lang.String chromosomeField,
                                         java.lang.String positionField)

储存原始坐标

参数:

chromosomeField - 染色体字段

positionField - 坐标字段

返回:

本类

storeOriginCoordinate

public GTBExporter storeOriginCoordinate(java.lang.String prefix)

储存原始坐标

参数:

prefix - 原始坐标前缀, 例如 hg19, 将会储存 hg19_CHROM, hg19_POS

返回:

本类

storeOriginPointer

public GTBExporter storeOriginPointer(java.lang.String fieldName)

储存原始指针字段

参数:

fieldName - 字段名 (例如为 POINTER, 它用于建立输入与输出之间的关联)

返回:

本类

submit

public GTBManager submit()
                  throws java.io.IOException

从类复制的说明: GTBEditor

提交计算任务, 需要子类进行实现

指定者:

submit 在类中 GTBEditor

返回:

计算完成的任务对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

toString

public java.lang.String toString()

覆盖:

toString 在类中 java.lang.Object