- HaplotypeLD - edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium中的枚举
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单倍型 LD 模型: 分为 D' 法和 r^2 法
该模型会考虑基因型的向型, unphased 和 phased 的文件分析结果不一致
- hashCode() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat
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- hashCode() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager
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- hashCode() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome
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- hashCode() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotype
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以 BEG 编码作为其 hashcode
- hashCode() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Individual
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- help - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.GBCEntry
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- help - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.IndexParser
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- HETEROZYGOUS_DEFAULT - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController
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当基因型为杂合子时, 其包含的等位基因测得的个数比例不应低于该阈值 (0.0 时不启用该方法)
- HETEROZYGOUS_DISABLE - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController
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- HETEROZYGOUS_MAX - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController
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- HETEROZYGOUS_MIN - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController
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- HOMOZYGOUS_ALT_DEFAULT - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController
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当基因型为纯合子时, 其他的等位基因测得的个数比例不应超过该阈值 (1.0 时不启用该方法)
- HOMOZYGOUS_ALT_DISABLE - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController
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- HOMOZYGOUS_ALT_MAX - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController
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- HOMOZYGOUS_ALT_MIN - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController
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- HOMOZYGOUS_REF_DEFAULT - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController
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当基因型为纯合子时, 其他的等位基因测得的个数比例不应超过该阈值 (1.0 时不启用该方法)
- HOMOZYGOUS_REF_DISABLE - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController
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- HOMOZYGOUS_REF_MAX - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController
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- HOMOZYGOUS_REF_MIN - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController
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