- identifiableList() - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome
-
- IGenotypeController - edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype中的接口
-
基因型质控器接口
请注意, 传入的基因型不应该是 .|.
- IGenotypes - edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype中的接口
-
基因型序列接口
- ILDModel - edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium中的接口
-
- ILDProperty - edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium中的接口
-
- index - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.GBCEntry
-
- index - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.IndexParser
-
- indexOfAllele(ByteCode) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
- indexOfAllele(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
- indexOfSubject(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager
-
获取指定样本的索引
- indexOfSubject(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader
-
获取指定样本的索引
- IndexParser - edu.sysu.pmglab.gbc.command中的类
-
- Individual - edu.sysu.pmglab.gbc.variant中的类
-
个体信息
- Individual(String) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Individual
-
构造器方法
- init() - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome
-
初始化染色体信息 (恢复为人类基因组)
- instance() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateDatabase
-
实例化读取器对象
- instance() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateRangeDatabase
-
实例化读取器对象
- instance() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFMapperDatabase
-
实例化读取器对象
- instance() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database
-
实例化注释器
- instance() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase
-
实例化读取器对象
- instance() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOverDatabase
-
- instanceReader() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager
-
实例化 GTB 读取器
- instanceReader(boolean) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager
-
实例化 GTB 读取器
- instanceReader(boolean, boolean) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager
-
实例化 GTB 读取器
- instanceReader(boolean, Iterable<String>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager
-
实例化 GTB 读取器
- isClosed() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader
-
文件流是否被关闭
- isClosed() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDReader
-
文件流是否被关闭
- isClosed() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.SeekableBEDReader
-
文件流是否被关闭
- isEmpty() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFilter
-
查看过滤器容量, 用来判断是否为空
- isForward() - 枚举 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Strand
-
- isGenotypePhased() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager
-
检查基因型的向型
- isHeterozygous() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotype
-
- isHomozygous() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotype
-
- isMissingGenotype() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotype
-
- isMissingGenotype(int) - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes
-
是否为缺失基因型
- isModifiable() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDGenotypes
-
- isModifiable() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.CacheGenotypes
-
- isModifiable() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotypes
-
- isModifiable() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes
-
当前基因型序列类型是否可修改的
- isOrdered() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager
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检查文件是否弱有序
弱有序被定义为在染色体范围内是有序的, 它不需要像有序那么严格
- isOrdered() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBSorter
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判断 GTB 文件管理器对象是否有序, 建议用户选择此参数判断后再确认是否排序
- isPhased() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDGenotypes
-
基因型是否有向
- isPhased() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.CacheGenotypes
-
基因型是否有向
- isPhased() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotypes
-
基因型是否有向
- isPhased() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes
-
基因型是否有向
- isPhased() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.MBEGDecoder
-
判断当前编码表是否有向
- isPhased() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.MBEGEncoder
-
- isReverse() - 枚举 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Strand
-
- isStandardAllele(String) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
是否为标准等位基因, 即所有的 base 都是 A, T, C, G
- isStandardAllele(ByteCode) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
是否为标准等位基因, 即所有的 base 都是 A, T, C, G
- isValidAllele(String) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
是否为合法等位基因, 即不能是 ,; 和不可见字符
- isValidAllele(ByteCode) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
是否为合法等位基因, 即不能是 ,; 和不可见字符
- isValidCodon(ByteCode) - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Codon
-
- isValidCodon(String) - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Codon
-
- iterator() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database
-
- iterator() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.AnnotateField
-
- iterator() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader
-
- iterator() - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome
-
- iterator() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes
-
- iterator() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants
-