- validVcfStartsWith - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
输入文件的有效第一行识别字段 (即数据行或标题行)
默认为
- valueOf(String) - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager.Type
-
返回带有指定名称的该类型的枚举常量。
- valueOf(String) - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.GenotypeLD
-
返回带有指定名称的该类型的枚举常量。
- valueOf(String) - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.HaplotypeLD
-
返回带有指定名称的该类型的枚举常量。
- valueOf(String) - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger.MergeOperator
-
返回带有指定名称的该类型的枚举常量。
- valueOf(String) - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Codon
-
返回带有指定名称的该类型的枚举常量。
- valueOf(ByteCode) - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Codon
-
获取密码子
- valueOf(String) - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.PositionType
-
返回带有指定名称的该类型的枚举常量。
- valueOf(String) - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.RefGenomeVersion
-
返回带有指定名称的该类型的枚举常量。
- valueOf(String) - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Strand
-
返回带有指定名称的该类型的枚举常量。
- values() - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager.Type
-
按照声明该枚举类型的常量的顺序, 返回
包含这些常量的数组。
- values() - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.GenotypeLD
-
按照声明该枚举类型的常量的顺序, 返回
包含这些常量的数组。
- values() - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.HaplotypeLD
-
按照声明该枚举类型的常量的顺序, 返回
包含这些常量的数组。
- values() - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger.MergeOperator
-
按照声明该枚举类型的常量的顺序, 返回
包含这些常量的数组。
- values() - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Codon
-
按照声明该枚举类型的常量的顺序, 返回
包含这些常量的数组。
- values() - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.PositionType
-
按照声明该枚举类型的常量的顺序, 返回
包含这些常量的数组。
- values() - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.RefGenomeVersion
-
按照声明该枚举类型的常量的顺序, 返回
包含这些常量的数组。
- values() - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Strand
-
按照声明该枚举类型的常量的顺序, 返回
包含这些常量的数组。
- Variant - edu.sysu.pmglab.gbc.variant中的类
-
基因组位点对象
正链、1-based 坐标系统
- Variant(Object, int) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
构造器方法
- Variant(Object, int, ByteCode...) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
构造器方法
- Variant(Object, int, String...) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
构造器方法
- Variant(Object, int, Variant) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
构造器方法, 为原位点设置新坐标
- Variant(Object, int, Iterable<ByteCode>) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
构造器方法
- VariantACController - edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.variant中的类
-
等位基因计数控制器
- VariantACController(Interval<Integer>) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.variant.VariantACController
-
- VariantAFController - edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.variant中的类
-
等位基因频率控制器
- VariantAFController(Interval<Float>) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.variant.VariantAFController
-
- VariantAlleleNumController - edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol中的类
-
位点可变等位基因数控制器
- VariantAlleleNumController() - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.VariantAlleleNumController
-
- VariantAlleleNumController(Interval<Integer>) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.VariantAlleleNumController
-
- VariantANController - edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.variant中的类
-
最小有效等位基因数控制器
- VariantANController(Interval<Integer>) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.variant.VariantANController
-
- VariantFieldController - edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info中的类
-
位点指定字段控制器
- VariantFieldController(String[], String[]) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.VariantFieldController
-
构造器方法
- VariantFieldController(ByteCode[], ByteCode[]) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.VariantFieldController
-
构造器方法
- VariantFieldController(String...) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.VariantFieldController
-
构造器方法
- VariantFieldController(ByteCode...) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.VariantFieldController
-
构造器方法
- VariantFieldController(Iterable<String>) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.VariantFieldController
-
构造器方法
- VariantFSController - edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info中的类
-
位点 FS 控制器
- VariantFSController() - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.VariantFSController
-
- VariantFSController(float) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.VariantFSController
-
- VariantMQController - edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info中的类
-
位点 MQ 控制器
- VariantMQController() - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.VariantMQController
-
- VariantMQController(float) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.VariantMQController
-
- VariantPhredQualityScoreController - edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol中的类
-
位点 QUAL 字段控制器
- VariantPhredQualityScoreController() - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.VariantPhredQualityScoreController
-
- VariantPhredQualityScoreController(float) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.VariantPhredQualityScoreController
-
- Variants - edu.sysu.pmglab.gbc.variant中的类
-
基因组多位点对象 (具有相同坐标)
正链、1-based 坐标系统
- Variants(Object, int) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants
-
- vcf2gtb - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.GBCEntry
-
- VCF2GTB - edu.sysu.pmglab.gbc中的类
-
Variant Call Format (VCF) 或类似格式转换为 Genotype Block Format (GTB) 格式
提供了一组标准程序 API 方法, 用于快速构建 GTB 文件 (CCF-based)
- VCFExporter - edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit中的类
-
VCF 文件导出器
- VERSION - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat
-
GBC 版本