- ld - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.GBCEntry
-
- LDCalculator - edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium中的类
-
基于 GTB 文件快速进行 LD 计算
- LiftOver - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver中的类
-
快速进行基因组版本转换的快速搜索树 (区间树算法)
- LiftOver(BaseArray<LiftOver.Chain>) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOver
-
构造器方法
- liftOver(LiftOver) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.MAF2GTB
-
使用 chain 搜索树进行版本提升
- liftOver(RefGenomeVersion, RefGenomeVersion) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.MAF2GTB
-
使用 chain 搜索树进行版本提升
- liftOver(LiftOver) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter
-
位点版本转换
- liftOver(RefGenomeVersion, RefGenomeVersion) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter
-
位点版本转换
- liftOver(LiftOver) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
坐标版本转换
- liftOver(LiftOver) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants
-
坐标版本转换
- liftOver(LiftOver) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
使用 chain 搜索树进行版本提升
- liftOver(RefGenomeVersion, RefGenomeVersion) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
使用 chain 搜索树进行版本提升
- LiftOver.Chain - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver中的类
-
- LiftOverDatabase - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver中的类
-
数据库类型的具体实现: liftOver
liftOver 主要用于添加在不同的参考基因组版本下的坐标信息
此类包含快速构建数据库的方法、快速映射为 DataBase 数据库
- LiftOverDatabase(RefGenomeVersion, RefGenomeVersion) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOverDatabase
-
liftOver 坐标注释
- LiftOverDatabase(RefGenomeVersion, RefGenomeVersion, AnnotateField) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOverDatabase
-
liftOver 坐标注释
- limit(Chromosome) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateDatabase.Reader
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- limit(Chromosome) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateRangeDatabase.Reader
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- limit(Chromosome) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateRangeDatabase.ReaderWithOverlapInterval
-
- limit(Chromosome) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFMapperDatabase.Reader
-
- limit(Chromosome) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database.Reader
-
限制读取的染色体范围
- limit(Chromosome) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase.Reader
-
- limit(Interval<Long>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader
-
设置全局的读取范围
- limit(Interval<Long>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.SeekableBEDReader
-
设置全局的读取范围
- load(Object) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateDatabase
-
数据库构造器方法
- load(Object, Iterable<String>) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateDatabase
-
数据库构造器方法
- load(Object) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateRangeDatabase
-
数据库构造器方法
- load(Object, Iterable<String>) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateRangeDatabase
-
数据库构造器方法
- load(Object) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFMapperDatabase
-
数据库构造器方法
- load(Object, Iterable<String>) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFMapperDatabase
-
数据库构造器方法
- load(Object) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbSNP.CoordinateBasedDBSNP
-
获取 dbsnp 查询器
- load(Object, Object) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbSNP.RSBasedDBSNP
-
获取 dbsnp 查询器
- load(Object) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOver
-
获取版本转换器
- load(RefGenomeVersion, RefGenomeVersion) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOver
-
从 UCSC 网站下载坐标转换 chain 文件
- load(RefGenomeVersion, RefGenomeVersion, File) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOver
-
从 UCSC 网站下载坐标转换 chain 文件
- load(Object) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.regBase.RegBase
-
获取 regBase 查询器
- load() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer.Builder
-
从默认文件路径 (path.idx) 中加载索引文件
- load(File) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer.Builder
-
加载染色体树表
- load(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer.Builder
-
加载染色体树表
- load(Object) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager
-
获取文件管理器
- load(Variant) - 接口 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes
-
从 Variant 对象中获取基因型序列
- load(ByteCode) - 接口 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes
-
基因型解码方法
解码后的基因型储存在 CacheGenotypes 中
- load(boolean, int) - 接口 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes
-
基因型解码方法
加载一个不包含任何基因型的基因型对象, 通常它用于缺失位点的占位
- load(IRecord) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
加载位点数据, 用于将 CCFReader 读入的数据转换为 GTBReader 读入的数据
- load(IRecord, Iterable<String>) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
加载位点数据, 用于将 CCFReader 读入的数据转换为 GTBReader 读入的数据
- loadChains(BaseArray<LiftOver.Chain>) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOver
-
将链信息转为区间树, 用于全局搜索
- loadFields(boolean) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator
-
设置加载的列字段
- loadFields(String[]) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator
-
设置加载的列字段
- loadFields(Iterable<String>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator
-
设置加载的列字段
- loadFields(boolean) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender
-
设置加载的列字段
- loadFields(String[]) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender
-
设置加载的列字段
- loadFields(Iterable<String>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender
-
设置加载的列字段
- loadFromCCF(Object) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome
-
从 ccf 文件中加载染色体信息
- loadFromCCFMeta(CCFMeta) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat
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转为 CCF 文件元信息
- loadGenotype(boolean) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender
-
设置是否加载基因型
- loadGenotype(boolean) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor
-
设置是否加载基因型数据
- loadGenotype(boolean) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger
-
设置是否加载基因型数据
- loadIndexer() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager
-
尝试加载索引器文件, 文件不存在或加载失败时返回 null
- loadIndexer(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager
-
尝试加载索引器文件, 文件不存在或加载失败时返回 null
- loadIndexer(File) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager
-
尝试加载索引器文件, 文件不存在或加载失败时返回 null
- loadIndexerFrom(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager
-
从指定的路径加载索引文件
如果已经加载过索引, 则返回 true
- logger - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.GBCEntry
-
- logger - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.IndexParser
-