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D

Database - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation中的类

Database() - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

Database.Reader - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation中的类

读取器抽象类

DatabaseException - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation中的异常错误

数据库操作异常

DatabaseException() - 异常错误 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.DatabaseException

DatabaseException(String) - 异常错误 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.DatabaseException

DatabaseException(String, Throwable) - 异常错误 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.DatabaseException

DatabaseException(Throwable) - 异常错误 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.DatabaseException

dbNSFPRankScore - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbnsfp中的类

数据库类型的具体实现: dbNSFP 此类包含快速构建数据库的方法、快速映射为 DataBase 数据库 website: dbNSFP dbNSFP 具有 2 个分支版本: 4.xa 和 4.xc, 前者学术用途, 后者商业用途 下载数据库的指令: wget -c -O dbNSFP4.3a.zip https://dbnsfp.s3.amazonaws.com/dbNSFP4.3a.zip -t 0 -T 60

dbNSFPRankScore(GTBManager) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbnsfp.dbNSFPRankScore

实例化 dbNSFP 数据库

dbNSFPRankScore(GTBManager, AnnotateField) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbnsfp.dbNSFPRankScore

实例化 dbNSFP 数据库

dbNSFPRankScoreDatabase - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbnsfp中的类

数据库类型的具体实现: dbNSFP 此类包含快速构建数据库的方法、快速映射为 DataBase 数据库 website: dbNSFP dbNSFP 具有 2 个分支版本: 4.xa 和 4.xc, 前者学术用途, 后者商业用途 下载数据库的指令: wget -c -O dbNSFP4.3a.zip https://dbnsfp.s3.amazonaws.com/dbNSFP4.3a.zip -t 0 -T 60

dbNSFPRankScoreDatabase(GTBManager) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbnsfp.dbNSFPRankScoreDatabase

实例化 dbNSFP 数据库

dbNSFPRankScoreDatabase(GTBManager, AnnotateField) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbnsfp.dbNSFPRankScoreDatabase

实例化 dbNSFP 数据库

DBSNPDatabase - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbSNP中的类

数据库类型的具体实现: dbSNP dbSNP 主要用于添加 VCF 文件的 ID 字段 此类包含快速构建数据库的方法、快速映射为 DataBase 数据库 下载数据库的指令: wget -c -O dbSNP_155.hg38.vcf.gz https://ftp.ncbi.nih.gov/snp/redesign/latest_release/VCF/GCF_000001405.39.gz -t 0 -T 60

DBSNPDatabase(GTBManager) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbSNP.DBSNPDatabase

dbSNP 数据库注释

DBSNPDatabase(GTBManager, AnnotateField) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbSNP.DBSNPDatabase

dbSNP 数据库注释

decode(int, int) - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.MBEGDecoder

对 code 进行解包

decode(int) - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.MBEGDecoder

对 code 进行解包

decode(byte, int) - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.MBEGDecoder

对 code 进行解包

decode(byte) - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.MBEGDecoder

对 code 进行解包

DEFAULT - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeDPController

DEFAULT - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeGQController

DEFAULT - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypePLController

DEFAULT - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.VariantFSController

DEFAULT - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.VariantMQController

DEFAULT - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.VariantPhredQualityScoreController

DEFAULT_BLOCK_MEMORY - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat

默认块大小 128 MB

DEFAULT_COMPRESSION_LEVEL - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat

默认压缩级别, 压缩级别直接影响压缩比

DEFAULT_MAF - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.LDCalculator

DEFAULT_MIN_R2 - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.LDCalculator

DEFAULT_PHASED - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat

默认向型为无向

DEFAULT_RANGE - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.VariantAlleleNumController

DEFAULT_VARIANT_NUM - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat

默认块大小

DEFAULT_WINDOW_SIZE_BP - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.LDCalculator

默认值

disableFilter() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB

禁用过滤器

displayOnTerminal() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.TSVExporter

在终端中打印文件信息

displayOnTerminal() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.VCFExporter

在终端中打印文件信息

dropDuplicationMeta() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat

去除重复的元信息

dropDuplicationMeta() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor

去除重复的元信息

dropDuplicationMeta() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger

去除重复的元信息

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