- bed2gtb - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.GBCEntry
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- BEDExporter - edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit中的类
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TODO: 导出为 BED 格式
- BEDExporter() - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.BEDExporter
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- BEDGenotypes - edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed中的类
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PLINK-BED 缓存基因型管理类
有关 BED 编码的细节详见: https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#bed
- BEDGenotypes(IGenotypes) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDGenotypes
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构造器方法, 将基因型对象编码为 BED 的基因型编码对象
- BEDGenotypes(int, ByteCode) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDGenotypes
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构造器方法, 从指定的编码流解析基因型
- BEDPartWriter - edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed中的类
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PLINK-BED 文件分部写入器, 写入 BED 文件
该方法与 GTBPartWriter 对应, 用于并行地创建 BED 文件
参考: https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#bed
- BEDPartWriter(String, int) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDPartWriter
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构造器方法
- BEDReader - edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed中的类
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PLINK-BED 文件读取器, 读取 BED 文件, 并返回 Variant 对象
input 文件关联到排除扩展名的文件名，即需要有三个文件: input.bed, input.fam, input.bim
fam 文件是表型文件, 它是无标题行的以空格作为分隔符的文本文件, 包含 6 个强制列:
1.
- BEDReader(String) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDReader
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构造器方法
- BEDWriter - edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed中的类
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PLINK-BED 文件写入器, 写入 BED 文件
参考: https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#bed
- BEDWriter(String) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDWriter
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构造器方法
- BEGCoderException - edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype中的异常错误
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BEG 编码异常
- BEGCoderException() - 异常错误 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.BEGCoderException
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- BEGCoderException(String) - 异常错误 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.BEGCoderException
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- build(RefGenomeVersion, File) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.clinvar.ClinVar
-
构建资源库
- build(String, File) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.clinvar.ClinVar
-
构建资源库
- build(RefGenomeVersion, File) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.clinvar.ClinVarDatabase
-
构建资源库
- build(String, File) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.clinvar.ClinVarDatabase
-
构建资源库
- build(RefGenomeVersion, String, File, File) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbnsfp.dbNSFPRankScore
-
构建资源库
- build(RefGenomeVersion, String, File, File) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbnsfp.dbNSFPRankScoreDatabase
-
构建资源库
- build(String, File) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbSNP.DBSNPDatabase
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构建资源库
- build(String, File) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.regBase.RegBaseDatabase
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构建资源库
- build() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer.Builder
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构造索引对象
- build() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter.Builder
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创建写入器
- build(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter.Builder
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创建分部写入器
- Builder(Path) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer.Builder
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索引构造器
- buildIndexer(String, File) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbSNP.DBSNPDatabase
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构建资源库
这里输入一个 GTB 格式的 dbSNP 数据库, 然后本方法对 RSNumber 进行排序, 以更快速地通过 rsnumber 查询坐标