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tell() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader
获取文件的位点指针
tell() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.SeekableBEDReader
获取文件的位点指针
threads - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.IndexParser
 
to(RefGenomeVersion) - 枚举 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.RefGenomeVersion
坐标转换工具
toBiallelic(int, int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDGenotypes
 
toBiallelic(int, int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotypes
 
toBiallelic(int, int) - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes
转为二等位基因位点 指定的 refAlleleIndex 作为 0, altAlleleIndex 作为 1, 包含了其他值的基因型会被替换为 ./.
toCCFMeta() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat
转为 CCF 文件元信息
toPhased() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotypes
转为 Phased 基因型
toPhased() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes
转为 Phased 基因型
toPhased(boolean) - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes
转换基因型向型
toRecord() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
转为记录对象
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database
获取数据库名
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAppendAnnotator
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.AnnotateField
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOver
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader
 
toString() - 枚举 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.GenotypeLD
 
toString() - 枚举 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.HaplotypeLD
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.LDCalculator
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.MAF2GTB
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeDPController
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeGQController
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypePLController
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.VariantFieldController
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.VariantFSController
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.VariantMQController
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.variant.VariantACController
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.variant.VariantAFController
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.variant.VariantANController
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.VariantAlleleNumController
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.VariantPhredQualityScoreController
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDGenotypes
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBSorter
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBSplitter
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.TSVExporter
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.VCFExporter
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.CacheGenotypes
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotype
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotypes
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Individual
 
toString() - 枚举 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Strand
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants
 
toString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
 
toUnPhased() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotype
 
toUnPhased() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotypes
转为 unPhased 基因型
toUnPhased() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes
转为 unPhased 基因型
tsv2gtb - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.GBCEntry
 
TSVExporter - edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit中的类
TSV 文件导出器 在 TSV 导出器中, 将不包含基因型信息, 但可以导出其他字段 通过 addFieldFormatter, 可以实现自定义新字段
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