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maf2gtb
- 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.
GBCEntry
MAF2GTB
-
edu.sysu.pmglab.gbc
中的类
Mutation Annotation Format (MAF) 或类似格式转换为 Genotype Block Format (GTB) 格式 提供了一组标准程序 API 方法, 用于快速构建 GTB 文件 (CCF-based)
main(String[])
- 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.command.
GBCEntry
main(String[])
- 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.command.
IndexParser
mapRecordToVariant(Function<IRecord, Variant>)
- 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.
CCFMapperDatabase
映射记录到变异位点
mapRecordToVariant(Function<IRecord, Variant>)
- 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.
GTBIndexer.Builder
映射记录到变异位点
MAX
- 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.
GenotypeDPController
MAX
- 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.
GenotypeGQController
MAX
- 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.
GenotypePLController
MAX
- 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.
VariantFSController
MAX
- 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.
VariantMQController
MAX
- 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.
VariantPhredQualityScoreController
MAX_GENOTYPE_CODE
- 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.
Genotype
最大基因型值
MBEGDecoder
-
edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype
中的接口
基因型数据组合解码器接口
MBEGEncoder
-
edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype
中的接口
基因型数据组合编码器接口
merge
- 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.
GBCEntry
MIN
- 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.
GenotypeDPController
MIN
- 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.
GenotypeGQController
MIN
- 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.
GenotypePLController
MIN
- 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.
VariantFSController
MIN
- 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.
VariantMQController
MIN
- 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.
VariantPhredQualityScoreController
MIN_GENOTYPE_CODE
- 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.
Genotype
最小基因型值
MISS_GENOTYPE
- 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.
Genotype
缺失基因型
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