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C

CacheGenotypes - edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype中的类

缓存基因型管理类, 该类不支持 new, 而是从 cache 数据流中加载基因型 基因型储存在 cache 中 CacheGenotypes 用于改进 GTBReader 的性能, 但是我们要求基因型无法被改变, 以避免潜在的线程安全问题

calculate(Variant, Variant) - 枚举 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.GenotypeLD

calculate(Variant, Variant) - 枚举 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.HaplotypeLD

calculate(Variant, Variant) - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.ILDModel

计算两位点的 LD 系数

calculateLD(Variant) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant

计算两位点之间的 LD 系数 当 variant 为 phased 时, 计算 HaplotypeLD, 否则计算 GenotypeLD

calculateLD(Variant, ILDModel) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant

计算两位点之间的 LD 系数

CCFCoordinateDatabase - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation中的类

具有坐标类型的数据库扫描方法 (CHROM, POS, 和多个 alleles 字段) 此数据库要求坐标是有序的 (类 GTB 结构, 但字段名可以不一致)

CCFCoordinateDatabase.Reader - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation中的类

CCF 数据库读取器

CCFCoordinateRangeDatabase - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation中的类

具有坐标范围类型的数据库扫描方法 (CHROM, POS_START, POS_END 字段) 此数据库要求坐标范围的起点 POS_START 是有序的 (类 GTB 结构)

CCFCoordinateRangeDatabase.Reader - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation中的类

CCF 数据库读取器, 坐标范围不重叠 当坐标范围不重叠时, 左侧端点和右侧端点都是各自有序的, 此时可以使用右侧端点进行范围限制

CCFCoordinateRangeDatabase.ReaderWithOverlapInterval - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation中的类

CCF 数据库读取器, 坐标范围可重叠 当坐标范围重叠时, [左侧区间, 右侧区间] 的所有左侧区间是有序的

CCFMapperDatabase - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation中的类

具有复杂的坐标系统的 CCF 文件, 通过 recordMapper 将复杂坐标系统转为 variant 进行注释 此数据库要求坐标是有序的 (类 GTB 结构)

CCFMapperDatabase.Reader - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation中的类

CCF 数据库读取器 它将 IRecord 对象包装为 Variant 对象进行注释

Chain(long, String, Chromosome, int, Strand, int, int, Chromosome, int, Strand, int, int) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOver.Chain

构造链映射信息

checkSubjectName(String) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat

样本名检查

chromosome - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.GBCEntry

chromosome - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.IndexParser

Chromosome - edu.sysu.pmglab.gbc.variant中的类

Chromosome(String, String, String...) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome

构造器方法

chromosomeField - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat

染色体字段

chromosomeSorter(Chromosome, Chromosome) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome

染色体排序器

clear() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFilter

清空过滤器

clear() - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer

清除所有的有序/无序标记

clear() - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager

清除样本管理器

clear(Object) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager

清除指定的样本管理器

clear() - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome

清除加载的染色体数据

clear() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotypes

重设基因型序列

clear() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes

重设基因型序列

clearAlleles() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant

清空该位点的等位基因

clearFieldFormatter() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.TSVExporter

清除所有的列值字段

clearFieldFormatter(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.TSVExporter

清除指定的列值字段

clearFields() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat

清除选定的字段

clearFields() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor

清除选定的字段

clearMeta() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat

清除所有的元信息

clearMeta() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor

清除所有的元信息

clearMeta() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger

清除所有的元信息

clearProperty() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant

清空该位点的属性信息

clearProperty() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants

清空该位点的属性信息

clearSubjects() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat

清除选定的样本

ClinVar - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.clinvar中的类

数据库类型的具体实现: ClinVar 此类包含快速构建数据库的方法、快速映射为 DataBase 数据库 TODO: FIXME

ClinVar(RefGenomeVersion, AnnotateField) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.clinvar.ClinVar

实例化 ClinVar 数据库

ClinVar(GTBManager) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.clinvar.ClinVar

实例化 ClinVar 数据库

ClinVar(GTBManager, AnnotateField) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.clinvar.ClinVar

实例化 ClinVar 数据库

ClinVarDatabase - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.clinvar中的类

数据库类型的具体实现: ClinVar 此类包含快速构建数据库的方法、快速映射为 DataBase 数据库

ClinVarDatabase(RefGenomeVersion, AnnotateField) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.clinvar.ClinVarDatabase

实例化 ClinVar 数据库

ClinVarDatabase(GTBManager) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.clinvar.ClinVarDatabase

实例化 ClinVar 数据库

ClinVarDatabase(GTBManager, AnnotateField) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.clinvar.ClinVarDatabase

实例化 ClinVar 数据库

close() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateDatabase.Reader

close() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateRangeDatabase.Reader

close() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateRangeDatabase.ReaderWithOverlapInterval

close() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFMapperDatabase.Reader

close() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database.Reader

关闭数据库

close() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase.Reader

close() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbSNP.CoordinateBasedDBSNP

关闭数据库

close() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbSNP.RSBasedDBSNP

关闭数据库

close() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.regBase.RegBase

关闭数据库

close() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBPartWriter

关闭文件写入器

close() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader

关闭文件流

close() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter

关闭文件流

close() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDPartWriter

关闭文件流

close() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDReader

关闭文件流

close() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDWriter

关闭文件流

close() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.SeekableBEDReader

关闭文件流

close() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.GenotypeSequenceEncoder

关闭编码器

Codon - edu.sysu.pmglab.gbc.variant中的枚举

密码子表 参考: https://www.genscript.com/tools/codon-table

compareTo(Chromosome) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome

compareTo(Variant) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant

compareTo(Variants) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants

concat - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.GBCEntry

containField(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager

是否包含指定的字段对象

containField(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader

是否包含指定的字段对象

containsChromosome(Chromosome) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer

是否包含指定的染色体数据

containsCoordinate(Chromosome, int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer

是否可能包含指定的坐标数据

containSubject(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager

是否包含指定的样本名

containSubject(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader

convert() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.MAF2GTB

执行格式转换

convert() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB

文件转换

convertCoordinate(Variant) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOver

转换坐标, 返回正链结果的映射值 当结果为 null 时表示没有定义转换关系 当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录

convertCoordinate(Chromosome, int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOver

转换坐标, 返回正链结果的映射值 当结果为 null 时表示没有定义转换关系 当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录

convertCoordinate(Chromosome, int, PositionType) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOver

转换坐标, 返回正链结果的映射值 当结果为 null 时表示没有定义转换关系 当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录

convertInterval(Chromosome, Interval<Integer>, PositionType) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOver

转换坐标, 返回正链结果的映射值 当结果为 null 时表示没有定义转换关系, 或转换后的区间长度与原先不匹配 当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录

convertInterval(Chromosome, Interval<Integer>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOver

转换坐标, 返回正链结果的映射值 当结果为 null 时表示没有定义转换关系 当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录

convertTSV2CCF(File, File) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome

将 tsv 文件转为 ccf 文件, 文件中的额外字段被转换为 bytecode 对象

COORDINATE_FORMAT - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat

坐标格式

CoordinateBasedDBSNP - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbSNP中的类

坐标 - DBSNP 查询器 通过坐标查询 rs number

coordinateField - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.IndexParser

A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W