- RANGE - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.variant.VariantACController
-
- RANGE - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.variant.VariantAFController
-
- RANGE - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.variant.VariantANController
-
- RANGE - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.VariantAlleleNumController
-
- read() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader
-
读取一个位点
- read(GTBFilter) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader
-
读取一个满足过滤条件的位点
- read() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDReader
-
读取一个位点
- read() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.SeekableBEDReader
-
读取一个位点
- readCoordinate() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader
-
读取一个坐标
- readCoordinate(GTBFilter) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader
-
读取一个满足过滤条件的位点
- reads() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader
-
读取接下来所有坐标相同的位点, 用于扫描连续的相同坐标位点
当 GTB 文件为无序时, 此方法无法正确返回结果
- rebuild() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer.Builder
-
重新构造索引对象
- RefGenomeVersion - edu.sysu.pmglab.gbc.variant中的枚举
-
参考基因组版本
- RegBase - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.regBase中的类
-
regBase 查询器
- RegBaseDatabase - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.regBase中的类
-
数据库类型的具体实现: regBase
regBase 是评估人类非编码基因组的功能性、致病性、癌症驱动性的预测数据库
该数据库所有的记录都是单碱基突变形式 (如 A > C)
数据库下载站: https://github.com/mulinlab/regBase
此类包含快速构建数据库的方法、快速映射为 DataBase 数据库
- RegBaseDatabase(GTBManager) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.regBase.RegBaseDatabase
-
实例化 RegBase 数据库
- RegBaseDatabase(GTBManager, AnnotateField) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.regBase.RegBaseDatabase
-
实例化 RegBase 数据库
- remaining() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader
-
获取当前数据表读取器可读的记录条目数
- remaining() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.SeekableBEDReader
-
获取当前数据表读取器可读的记录条目数
- renameField(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor
-
重设字段名
- renameFields(Map<String, String>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor
-
重设字段名
- renameSubject(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor
-
重命名样本
- renameSubject(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.TSVExporter
-
- renameSubjects(String, String, int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor
-
重设样本序列
- renameSubjects(Map<String, String>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor
-
重设样本序列
- reset() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateDatabase.Reader
-
- reset() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateRangeDatabase.Reader
-
- reset() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateRangeDatabase.ReaderWithOverlapInterval
-
- reset() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFMapperDatabase.Reader
-
- reset() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database.Reader
-
重置数据库
- reset() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase.Reader
-
- reset() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbSNP.CoordinateBasedDBSNP
-
重置数据库指针
- reset() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbSNP.RSBasedDBSNP
-
重置数据库指针
- reset() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.regBase.RegBase
-
重置数据库指针
- reverse() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotype
-
- RSBasedDBSNP - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbSNP中的类
-
RS Number - DBSNP 查询器
通过 rs number 查询坐标
在该实例中, 需要 dbSNP 的原始数据库 GTB 文件, 还需要按照 RSNumber 排序的与原文件对应的指针文件