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G

GBCEntry - edu.sysu.pmglab.gbc.command中的类

generateFam(String[], String) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDPartWriter

生成 fam 文件

generateFam(Individual[], String) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDPartWriter

生成 fam 文件

generateFam(String[], String) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDWriter

生成 fam 文件

generateFam(Individual[], String) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDWriter

生成 fam 文件

Genotype - edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype中的类

基础基因型对象 最多支持 255 种等位基因形式

GenotypeADController - edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype中的类

基因型质控器实现 —— AD Genotype Allele Depth

GenotypeADController() - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController

构造器方法

GenotypeADController(int, float, float, float) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController

构造器方法

GenotypeDPController - edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype中的类

基因型质控器实现 —— DP Genotype depth

GenotypeDPController() - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeDPController

构造器方法

GenotypeDPController(int) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeDPController

构造器方法

genotypeField - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat

基因型字段

GenotypeGQController - edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype中的类

基因型质控器实现 —— GQ Genotype quality

GenotypeGQController() - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeGQController

构造器方法

GenotypeGQController(int) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeGQController

构造器方法

GenotypeLD - edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium中的枚举

Pearson LD 模型 该模型不考虑基因型向型, 仅考虑基因型携带等位基因的个数

GenotypePLController - edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype中的类

基因型质控器实现 —— PL phred-scaled genotype likelihood see: https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035890451 通常为多个数字使用逗号进行分隔, 分别表示 0/0, 0/1, 1/1 基因型的可能性.

GenotypePLController() - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypePLController

构造器方法

GenotypePLController(int) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypePLController

构造器方法

Genotypes - edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype中的类

对象基因型管理类 基因型储存在 Genotype[] 数组中 cache 用于缓存编码数据

Genotypes(int) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotypes

构造器方法

Genotypes(boolean, int) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotypes

构造器方法

GenotypeSequenceEncoder - edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype中的类

基因型序列编码器, 内部缓冲结构, 用于提升速度

GenotypeSequenceEncoder() - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.GenotypeSequenceEncoder

get(int) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome

获取染色体

get(String) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome

获取染色体

get(ByteCode) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome

获取染色体

get(String) - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Strand

根据字符获得链类

get(boolean) - 枚举 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Strand

根据字符获得链类

get(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants

获取子位点

getAC() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDGenotypes

getAC() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.CacheGenotypes

获取等位基因计数 (allele count) 在这里指所有非 0 和 非 .

getAC() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotype

getAC() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotypes

获取等位基因计数 (allele count) 非 .

getAC() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes

获取等位基因计数 (allele count) 非 .

getAC(int) - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes

获取指定等位基因索引的等位基因计数

getAF() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes

获取等位基因频率 (allele frequency) 非 .

getAF(int) - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes

获取指定等位基因索引的等位基因频率

getAlleleNum() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant

getAlleles() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant

获取等位基因标签信息

getAlternativeNames() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome

获得其他的替代名列表

getAminoAcid() - 枚举 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Codon

getAN() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDGenotypes

getAN() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.CacheGenotypes

获取等位基因总数 (allele number) 在这里指所有非 .

getAN() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotype

getAN() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotypes

获取等位基因总数 (allele number) 非 .

getAN() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes

获取等位基因总数 (allele number) 非 .

getAnnotateFieldName(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.AnnotateField

获取注释到文件中的字段名

getAnnotateFieldNameOrDefault(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.AnnotateField

获取注释到文件中的字段名

getAnnotateFields() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

获取元信息及其类型

getBEGCode_1Byte() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotype

编码该基因型为 1 字节 BEG 编码

getBEGCode_2Byte() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotype

编码该基因型为 2 字节 BEG 编码

getChromosome() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant

getChromosome() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants

getChromosomeIndex() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome

getChromosomes() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer

获取染色体列表

getDefaultFormatter(String, FieldType) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.TSVExporter

获取默认的格式化为文本格式的工具

getFieldNum() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager

获取当前数据表包含的列数

getFields() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager

获取补充的其他字段

getFields() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader

获取筛选的其他字段

getFields() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter.Builder

获取筛选的其他字段及其类型

getFieldType(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

获取字段缺失值

getFieldType(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager

获取指定字段的类型

getFieldType(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader

获取指定字段的类型

getFieldType(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter.Builder

获取筛选的其他字段的类型

getFilePath() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager

获取 GTB 文件名

getFormat() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter.Builder

获取 GTB 文件格式

getFullName() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome

getGenotype(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDGenotypes

获取基因型

getGenotype(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.CacheGenotypes

获取基因型

getGenotype(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotypes

获取基因型

getGenotype(int) - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes

获取基因型

getGenotypeCounts() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes

获取基因型计数值

getGenotypeNum() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDGenotypes

获取基因型总数

getGenotypeNum() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.CacheGenotypes

获取基因型总数

getGenotypeNum() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotypes

获取基因型总数

getGenotypeNum() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes

获取基因型序列长度

getGtbFormat() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager

获取 GTB 文件格式

getGtbFormat() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader

获取 GTB 文件的格式器

getIndexer() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager

获取索引器 当文件无序时抛出异常

getIndexer() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter

获取索引器

getIndividual(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDReader

获取个体

getIndividual(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.SeekableBEDReader

获取个体

getIndividualNum() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDReader

获取个体数量

getIndividualNum() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.SeekableBEDReader

获取个体数量

getIndividuals() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDReader

获取所有个体

getIndividuals() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.SeekableBEDReader

获取所有个体

getKeyWord() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController

getKeyWord() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeDPController

getKeyWord() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeGQController

getKeyWord() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypePLController

getKeyWord() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.IGenotypeController

获取关键字

getLdProperty(int) - 枚举 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.GenotypeLD

getLdProperty(int) - 枚举 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.HaplotypeLD

getLdProperty(int) - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.ILDModel

初始化位点属性对象

getLeftGenotype() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotype

getLeftGenotype(int) - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes

获取左侧基因型

getLeftGenotypes() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes

获取左侧基因型序列

getMajorManager() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger

获取主管理器

getManager() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader

获取 GTB 文件管理器

getManager() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor

获取文件管理器

getMaxVariantIndex(Chromosome) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer

获取指定染色体数据的指针范围

getMaxVariantPosition(Chromosome) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer

获取指定染色体数据的坐标范围

getMeta() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager

获取 meta 信息

getMinorManager() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger

获取次管理器

getMinVariantIndex(Chromosome) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer

获取指定染色体数据的指针范围

getMinVariantPosition(Chromosome) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer

获取指定染色体数据的坐标范围

getMissingGenotypeNum() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes

获取基因型序列长度

getMissingValue(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

获取字段缺失值

getOutputFile() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBPartWriter

获取输出文件

getOutputFile() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter.Builder

获取输出文件

getOutputFile() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter

获取文件对象

getOutputFile() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.LDCalculator

获取输出文件

getOutputFile() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.MAF2GTB

获取输出文件

getOutputFile() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender

获取输出文件对象

getOutputFile() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor

获取输出文件对象

getOutputFile() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger

获取输出文件对象

getOutputFile() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB

获取输出文件路径

getPhasedString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotype

getPosition() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant

getPosition(PositionType) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant

getPosition() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants

getPosition(PositionType) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants

getPositionType() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant

获取坐标系统类型

getPositionType() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants

获取坐标系统类型

getProperty(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome

获取染色体的指定属性值

getProperty(Object) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Individual

获取个体的指定属性值

getProperty(Object) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant

获取位点的指定属性值

getProperty(Object) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants

获取位点的指定属性值

getPropertyClass() - 枚举 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.GenotypeLD

getPropertyClass() - 枚举 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.HaplotypeLD

getPropertyClass() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.ILDModel

getRangeOfVariantIndex() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader

获取位点索引范围

getRangeOfVariantIndex() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.SeekableBEDReader

获取位点索引范围

getReadInFields() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.AnnotateField

获取提取的字段名信息

getRecord(Chromosome, int, int, float, float) - 枚举 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.GenotypeLD

包装值为记录器对象

getRecord(Chromosome, int, int, float, float) - 枚举 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.HaplotypeLD

包装值为记录器对象

getRecordType() - 枚举 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.GenotypeLD

getRecordType() - 枚举 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.HaplotypeLD

getRecordType() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.ILDModel

获取记录类型

getResourceFile(String) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

获取资源文件路径

getRightGenotype() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotype

getRightGenotype(int) - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes

获取右侧基因型

getRightGenotypes() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes

获取右侧基因型序列

getSimpleName() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome

getStrand() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant

获取链

getStrand() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants

获取链

getSubjectNum() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager

获取样本数

getSubjectNum() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader

获取样本个数

getSubjectNum() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter.Builder

获取样本个数

getSubjectNum() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter

获取样本数

getSubjects() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager

获取样本序列

getSubjects() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader

获得样本信息

getSubjects() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter.Builder

获取样本信息

getType() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager

获取 GTB 文件类型

getUnPhasedString() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotype

getVariantIndexFilter() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFilter

获取记录索引范围过滤器

getVariantIndexRange(Chromosome) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer

获取指定染色体数据的指针范围

getVariantNum() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager

获取位点数

getVariantNum() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader

获取位点个数

getVariantNum() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter

获取已写入的位点数

getVariantNum() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.SeekableBEDReader

获取位点个数

getVariantPositionRange(Chromosome) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer

获取指定染色体数据的坐标范围

getWriter(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBPartWriter

获取指定索引的写入器

gtb2bed - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.GBCEntry

gtb2tsv - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.GBCEntry

gtb2vcf - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.GBCEntry

GTBAnnotator - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation中的类

GTB 文件注释器 在这个方法中要求输入文件与输出文件不是同一个文件, 它采样 "额外注释" 策略分离两个文件, 适用于将基因型与注释数据分离的形式 此外, 在该方法中, 变异位点应该为二等位基因形式

GTBAppendAnnotator - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation中的类

GTB 文件追加注释器 在该方法中, 变异位点应该为二等位基因形式, 否则可能无法正常注释

GTBAppender - edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit中的类

GTB 列字段追加器, 该方法用于避免重写前面的信息

GTBComponentException - edu.sysu.pmglab.gbc中的异常错误

GTB 组件异常

GTBComponentException() - 异常错误 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.GTBComponentException

GTBComponentException(String) - 异常错误 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.GTBComponentException

GTBComponentException(String, Throwable) - 异常错误 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.GTBComponentException

GTBComponentException(Throwable) - 异常错误 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.GTBComponentException

GTBConcat - edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit中的类

GTB 文件连接器, 它是对应于 GTBSplitter 的方法 也可以用于连接样本序列无法对齐的多个 GTB 文件 (例如常染色体与 Y 染色体)

GTBDatabase - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation中的类

GTB 协议数据库对象接口 文件具有 CHROM, POS 信息 该数据库的默认注释规则为筛选 CHROM, POS 一致的位点, 然后将 REF 和 ALT 完全一致的记录注释到位点中

GTBDatabase(Object) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase

数据库构造器方法

GTBDatabase(Object, boolean, Iterable<String>) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase

数据库构造器方法

GTBDatabase.Reader - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation中的类

GTB 数据库读取器

GTBEditor - edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit中的类

GTB 文件编辑器模版类

GTBExporter - edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit中的类

GTB 文件导出器, 支持添加新信息

GTBFields - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat

GTB 强制字段 (不允许命名)

GTBFilter - edu.sysu.pmglab.gbc中的类

GTB 文件过滤器, 用于将 Variant 类型的控制条件翻译为 CCFFilter

GTBFilter() - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFilter

空白构造器

GTBFilter(GTBFilter) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFilter

构造器

GTBFormat - edu.sysu.pmglab.gbc中的类

GTB 文件格式声明类

GTBFormat(int, int, boolean) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat

构造器方法

GTBIndexer - edu.sysu.pmglab.gbc中的类

GTB 或类 GTB 文件通用索引器 包括每个染色体的摘要信息

GTBIndexer.Builder - edu.sysu.pmglab.gbc中的类

索引构造器

GTBManager - edu.sysu.pmglab.gbc中的类

GTB 文件管理器

GTBManager.Type - edu.sysu.pmglab.gbc中的枚举

GTBMerger - edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit中的类

GTB 基因型文件合并器, 第一个文件作为主文件 (major or left), 第二个文件作为次文件 (minor or right) 由于多文件合并涉及到复杂的等位基因类型判断及内存控制, 此处仅用于合并两个 GTB 文件.

GTBMerger.MergeOperator - edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit中的枚举

处理不同文件位点的方式

GTBMeta - edu.sysu.pmglab.gbc中的类

GTB 元信息

GTBMeta() - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.GTBMeta

GTBPartWriter - edu.sysu.pmglab.gbc中的类

GTB 文件分块写入器

GTBReader - edu.sysu.pmglab.gbc中的类

GTB 文件读取器

GTBReader(Object) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader

构造器方法

GTBReader(Object, boolean) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader

构造器方法

GTBReader(Object, boolean, boolean) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader

构造器方法

GTBReader(Object, boolean, Iterable<String>) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader

构造器方法

GTBSorter - edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit中的类

GTB 文件按照坐标排序 FIXME: 优化分配到每个染色体的工作量, 提高速度

GTBSplitter - edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit中的类

GTB 文件切割器 将文件按照一定的规则切割为几个小部份

GTBWriter - edu.sysu.pmglab.gbc中的类

GTB 文件写入器

GTBWriter.Builder - edu.sysu.pmglab.gbc中的类

GTBWriter 构造器

gui - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.GBCEntry

A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W