- save() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer
-
储存染色体树表到文件中 (CCF 格式)
索引文件包含 3 列, 第一列为染色体编号, 第二列为该染色体编号包含的变异位点的坐标范围, 第三列为该染色对应原文件中的索引
默认为 '当前绑定的资源文件名.idx'
- save(File) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer
-
储存染色体树表到文件中 (CCF 格式)
索引文件包含 3 列, 第一列为染色体编号, 第二列为该染色体编号包含的变异位点的坐标范围, 第三列为该染色对应原文件中的索引
- save(File) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome
-
保存为 CCF 格式
- seek(GTBFilter) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader
-
定位位点指针
- seek(long) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader
-
定位位点指针
- seek(long) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDReader
-
指针跳转
该方法只能向后跳转, 如需自由跳转, 请使用 SeekableBEDReader
- seek(long) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.SeekableBEDReader
-
指针跳转
- SeekableBEDReader - edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed中的类
-
可索引和可快速搜索的 BED 读取器
使用 CCF 转存坐标文件 bim 为 ind, 并基于 ind 实现快速跳转
- SeekableBEDReader(String) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.SeekableBEDReader
-
构造器方法
- selectSubjects(String[]) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator
-
筛选储存的子样本
- selectSubjects(int[]) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator
-
筛选储存的子样本
- selectSubjects(Iterable<?>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator
-
筛选储存的子样本
- selectSubjects(String[]) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter
-
筛选储存的子样本
- selectSubjects(int[]) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter
-
筛选储存的子样本
- selectSubjects(Iterable<?>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter
-
筛选储存的子样本
- selectSubjects(String...) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.VCFExporter
-
筛选子样本
- selectSubjects(int...) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.VCFExporter
-
筛选子样本
- selectSubjects(Iterable<?>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.VCFExporter
-
筛选子样本
- setAlleleCountField(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.MAF2GTB
-
设置等位基因计数字段名
- setAnnotateFunction(BiFunction<BaseArray<IRecord>, Variant, Boolean>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateDatabase
-
数据库构造器方法
- setAnnotateFunction(BiFunction<BaseArray<IRecord>, Variant, Boolean>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateRangeDatabase
-
数据库构造器方法
- setAnnotateFunction(BiFunction<Variants, Variant, Boolean>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFMapperDatabase
-
数据库构造器方法
- setAnnotateFunction(BiFunction<Variants, Variant, Boolean>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase
-
注释函数
- setCompressionLevel(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat
-
设置新压缩级别, 并返回 GTB 格式实例
- setCoordinateFields(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateDatabase
-
设置坐标识别的字段
- setCoordinateFields(String, String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateRangeDatabase
-
设置坐标识别的字段
- setCoordinateFields(String...) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer.Builder
-
加载的坐标有关的字段
- setCoordinateFields(Iterable<String>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer.Builder
-
加载的坐标有关的字段
- setFormat(GTBFormat) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter.Builder
-
设置 GTB 文件格式
- setFormat(GTBFormat) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
设置 GTB 文件格式
- setFormat(GTBFormat) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor
-
设置 GTB 文件格式
- setFormat(GTBFormat) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger
-
设置 GTB 文件格式
- setFormat(GTBFormat) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.TSVExporter
-
设置 GTB 文件格式
- setGenotype(int, Genotype) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDGenotypes
-
设置基因型
- setGenotype(int, Genotype) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotypes
-
设置基因型
- setGenotype(int, Genotype) - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes
-
设置基因型
- setGTBFormat(GTBFormat) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
设置 GTB 文件格式
- setIndexer(GTBIndexer) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateDatabase
-
设置索引器
- setIndexer(GTBIndexer) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateRangeDatabase
-
设置索引器
- setIndexer(GTBIndexer) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFMapperDatabase
-
设置索引器
- setIntervalOverLaps(boolean) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateRangeDatabase
-
设置区间是否重叠
- setLdModel(ILDModel) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.LDCalculator
-
设置计算的 LD 模型, 默认根据文件向型自动设置
- setMaf(float) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.LDCalculator
-
设置次级等位基因频率
- setMaxVariantNum(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat
-
设置每个块最多包含的位点数, 并返回 GTB 格式实例
- setMergeOperator(GTBMerger.MergeOperator) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger
-
设置处理不同文件位点的方式
- setMinR2(float) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.LDCalculator
-
设置输出的最小 R^2
- setOutputFile(File) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.MAF2GTB
-
设置输出文件
- setOutputFile(File) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender
-
设置输出文件
- setOutputFile(File) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor
-
设置输出文件
- setOutputFile(File) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger
-
设置输出文件
- setOutputFile(File) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
设置输出文件
- setPhased(boolean) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat
-
设置基因型向型, 并返回 GTB 格式实例
- setPositionType(PositionType) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateDatabase
-
设置坐标系统类型 (默认为 1-based)
- setPositionType(PositionType) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateRangeDatabase
-
设置坐标系统类型 (默认为 0-based)
- setProperty(String, Object) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome
-
设置染色体属性值
- setProperty(Object, Object) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Individual
-
设置个体属性值
- setProperty(Object, Object) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
设置位点属性值
- setProperty(Object, Object) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants
-
设置位点属性值
- setThreads(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer.Builder
-
- setThreads(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.LDCalculator
-
设置并行线程数
- setThreads(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.MAF2GTB
-
- setThreads(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender
-
- setThreads(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
- setThreads(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor
-
- setThreads(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger
-
- setThreads(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
- setWindowSizeBp(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.LDCalculator
-
计算的窗口大小, 最大覆盖的 bp 长度
- show - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.GBCEntry
-
- size() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.AnnotateField
-
获取包含的字段数
- size() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants
-
获取子位点个数
- sort - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.GBCEntry
-
- sort(boolean) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
排序输出的文件
- sort(boolean) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter
-
排序输出的文件
- sort(Comparator<Variant>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants
-
对子位点进行排序
- split - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.GBCEntry
-
- splitByChromosome(Set<Chromosome>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBSplitter
-
按照染色体进行分裂文件
- splitByVariantNum(long) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBSplitter
-
按照位点数量进行分裂文件
- storeGenotype(boolean) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
设置是否储存基因型字段
- storeOriginCoordinate(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter
-
储存原始坐标
- storeOriginCoordinate(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter
-
储存原始坐标
- storeOriginMeta(boolean) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
设置是否储存文件自带的 meta 信息
- storeOriginPointer(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator
-
储存原始坐标字段
- storeOriginPointer(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter
-
储存原始指针字段
- storeOriginPointer(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBSorter
-
储存原始坐标字段
- Strand - edu.sysu.pmglab.gbc.variant中的枚举
-
描述链的正、反
- subGenotypes(int[]) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.CacheGenotypes
-
- subGenotypes(BaseArray<Integer>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.CacheGenotypes
-
- subGenotypes(int[]) - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes
-
获取子基因型序列
- subGenotypes(BaseArray<Integer>) - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes
-
获取子基因型序列
- subjectOfIndex(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBManager
-
获取指定索引对应的样本
- subjectOfIndex(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBReader
-
获取指定索引对应的样本
- submit() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator
-
注释数据, 并返回结果
- submit() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAppendAnnotator
-
注释数据, 并返回结果
追加数据模式
- submit() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.LDCalculator
-
提交 LD 计算, 输出到文件
- submit() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender
-
提交追加数据任务
- submit() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
对管理器进行拼接
- submit() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor
-
提交计算任务, 需要子类进行实现
- submit() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter
-
- submit() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger
-
提交合并任务
合并时按照染色体进行, 以避免调整坐标
- submit() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBSorter
-
对管理器进行排序
排序算法原理:
- submit() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBSplitter
-
已过时。
- submit() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.TSVExporter
-
- submit() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.VCFExporter
-